Publicações de 2025 (Doutorado)

  • Tese - Sandra Paola Maximino

    Primíparas residentes de Rio Grande: análisis de variables perinatales y sus inequidades en un período de 13 años

    Autor: Sandra Paola Maximino (Currículo Lattes)

    Orientador: Profa. Dra. Romina Buffarini

    Resumo

    Las mujeres en su primer embarazo han sido estudiadas principalmente en relación con los riesgos asociados a la edad materna avanzada. Sin embargo, la literatura que aborda las variaciones en la edad promedio al primer embarazo y la ocurrencia de embarazos no planificados en este grupo sigue siendo limitada, especialmente en América Latina. Este estudio tuvo como objetivos analizar la prevalencia de maternidad tardía (35 años) en un período de 13 años (2007-2019) y comparar el perfil de estas mujeres a lo largo del tiempo; además, describir las inequidades socioeconómicas en los embarazos no planeados durante el mismo período. Se utilizaron datos de los cinco estudios perinatales de Rio Grande, Brasil (2007, 2010, 2013, 2016 y 2019). Se aplicó un cuestionario único y estandarizado mediante entrevista presencial a todas las puérperas residentes en el área urbana o rural que tuvieron su primer hijo en dichos años. La descripción de la muestra se realizó mediante frecuencias absolutas y relativas, y las comparaciones se efectuaron con el test Chi-cuadrado de Pearson. Las desigualdades se estimaron a través de la pendiente de índice (SII) y el índice de concentración (CIX). La tendencia temporal se evaluó mediante el test de Cochran-Armitage. La primiparidad tardía aumentó sostenidamente, sobre todo entre mujeres con mayor escolaridad, ingresos y uso de servicios privados, siendo más frecuente en quienes presentaron comorbilidades gestacionales. Entre 5262 primíparas, la prevalencia global de embarazo no planificado fue 57,2 %, con leve descenso hasta 2016 y aumento en 2019 (62 %; p = 0,002). Persistieron marcadas inequidades: en 2019, 74,6 % de las mujeres del cuartil más pobre reportaron embarazo no planificado frente a 46,5 % del más rico (SII = 37,7; CIX = 0,165).

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  • Tese - Conrado Pizzolatto Castanho

    Análise genômica e estrutural na investigação do impacto de mutações na resistência antimicrobiana em isolados de Mycobacterium tuberculosis do sul do Brasil

    Autor: Conrado Pizzolatto Castanho (Currículo Lattes)

    Orientador: Profa. Dra. Karina dos Santos Machado

    Resumo

    A tuberculose permanece como um importante desafio em saúde pública, especialmente devido à persistência de casos resistentes e multidroga-resistentes. Nos útimos anos, o uso do sequenciamento total do genoma (Whole Genome Sequencing - WGS) e de ferramentas de genômica e bioinformática estrutural consolidou-se como uma estratégia central na investigação de mutações associadas à resistência antimicrobiana em Mycobacterium tuberculosis. Nesse contexto, este trabalho integrou dados genômicos, fenotípicos e análises estruturais para investigar 21 isolados clínicos provenientes do sul do Brasil, com ênfase na caracterização de variantes no gene katg, responsável pela ativação da isoniazida (INH). Inicialmente, realizou-se uma revisão integrativa da literatura com o objetivo de identificar os principais passos, ferramentas e parâmetros empregados na análise de WGS aplicada a M. tuberculosis. Como resultado dessa etapa, foram definidos diferentes fluxos de trabalho de acordo com o objetivo da análise genômica. A revisão evidenciou que ferramentas como FastQC, Trimmomatic, BWA-MEM, SAMtools, GATK, SnpEff e TB-Profiler constituem o núcleo metodológico mais frequentemente empregado em estudos conduzidos em diferentes regiões do mundo, corroborando a estratégia adotada nesta tese. Além disso, a literatura destacou a necessidade de padronização¸ ao dos fluxos de trabalho para análise genômica, especialmente em cenários de baixa infraestrutura, indicando que abordagens integrativas podem aumentar a confiabilidade diagnóstica e favorecer a vigilância molecular em regiões de alta carga da doença. Com base nessa revisão, definiu-se a sequencia de etapas de bioinformática aplicada às amostras: avaliação da qualidade dos arquivos fastq, mapeamento contra o genoma de referência H37Rv utilizando BWA-MEM, detecção de variantes por meio de duas ferramentas (SAMtools e GATK), com posterior identificação das variantes concordantes, e anotação funcional das mutações com SnpEff. Paralelamente, as amostras foram analisadas com o TB-Profiler para identificação de linhagem e perfil de resistência, permitindo a comparação direta com os resultados fenotípicos produzidos pelo NUPEMM/FURG. As 21 amostras apresentaram altas taxas de mapeamento (> 99%) e cobertura média superior a 100x, assegurando a confiabilidade na identificação¸ ao das variantes. A comparação¸ ao entre os dados genômicos e fenotípicos revelou mutações clássicas em genes associados à resistência a fármacos de primeira e segunda linha. Entretanto, duas variantes na proteína KatG foram selecionadas para caracterização estrutural: a mutação p.Ser315Asn (S315N), presente em quatro isolados e ainda pouco explorada do ponto de vista estrutural na literatura científica, e a mutação inédita p.Leu734Val (L734V), identificada em três isolados. Essa variante não consta em catálogos da Organização Mundial da Saúde nem na literatura científica e mostrou-se particularmente relevante, uma vez que os três isolados apresentaram resistência fenotípica à INH na ausência da mutação clássica S315T, configurando o principal achado deste estudo. As mutações na proteína KatG foram investigadas por meio de ferramentas de bioinformática estrutural, incluindo modelagem estrutural com o algoritmo AlphaFold3 e validação estereoquímica com o MolProbity. Os modelos gerados apresentaram escores compatíveis com estruturas de alta qualidade. Para aprofundar a compreensão do impacto dessas mutações na estrutura da proteína e em suas interações com o cofator HEME e com o fármaco isoniazida, foram realizadas simulações de dinâmica molecular (DM) de 200 ns para a KatG selvagem e para os mutantes. Os resultados da DM permitiram avaliar a estabilidade, a flexibilidade e o comportamento estrutural da proteína frente `as interações com o HEME e a INH. Embora a estabilidade global da proteína não tenha sido comprometida pelas mutações, foram observadas diferenças na região catalítica, sugerindo possíveis efeitos funcionais, especialmente para a variante p.Leu734Val. A localização dessa mutação, distante do sítio de ativação da INH e mais próxima da região C-terminal da proteína, indica um possível mecanismo de resistência alostérica. A integração das análises genômica, fenotípica e estrutural reforça que a mutação p.Leu734Val pode representar um mecanismo emergente de resistência à INH, destacando a necessidade de estudos complementares para avaliar seu impacto funcional. Os resultados obtidos demonstram a importância de pipelines bem estruturados para a análise de dados de WGS, especialmente quando integrados a métodos laboratoriais e abordagens de bioinformática estrutural. Assim, este trabalho contribui ao identificar uma mutação potencialmente relevante na KatG, ao demonstrar a consistência entre dados genômicos e fenotípicos no contexto regional e ao aplicar uma abordagem integrada que abrange desde o processamento dos dados brutos até a interpretação estrutural de proteínas. Os achados reforçam a necessidade contínua de vigilância genômica e de análises multidimensionais para orientar estratégias terapêuticas, aprimorar o diagnóstico e antecipar mecanismos emergentes de resistência em M. tuberculosis.

    TEXTO COMPLETO DA TESE (Disponível apenas Publicação Parcial)