Detecção de variantes de preocupação (VOCs) do SARS-CoV-2 no extremo sul do Brasil
Autor: Leonardo Francisco da Silva (Currículo Lattes)
Resumo
A pandemia de COVID-19 provocada pelo SARS-CoV-2 aconteceu em um período histórico de grande globalização que permitiu com que a circulação do vírus acontecesse de maneira muito mais rápida e trouxesse grandes consequências. A detecção de variantes do SARS-CoV-2 através do sequenciamento completo do genoma viral representa o padrão-ouro dentro da vigilância genômica, porém ainda inacessível a algumas regiões mais distantes como o extremo sul do país pelo seu alto custo e necessidade de mão de obra qualificada. O objetivo desse projeto foi a detecção de variantes de preocupação no extremo sul do Brasil através de metodologias de vigilância genômica mais acessíveis. Neste estudo foi realizada a análise de 363 amostras de swab nasofaríngeo provenientes de um laboratório de referência em infectologia na cidade de Rio Grande, no extremo sul do Brasil, coletadas no período de janeiro a junho de 2022. Elaboramos um pacote de ensaios para detecção de mutações-chave por genotipagem baseando-se no perfil das variantes circulantes no período do estudo no Brasil e no mundo. Algumas destas amostras (n=67) foram selecionadas aleatoriamente por semana epidemiológica para a realização do sequenciamento parcial da região RBD. Durante o período de estudo houve um grande domínio da variante Ômicron presentes nas amostras do estudo, com a BA.1 dominando o período de janeiro a março, tendo o seu domínio substituído no mês de abril pela BA.2 e a partir de junho sendo alcançado pela BA.4/5. O resultado de todas as amostras que foram sequenciadas foram compatíveis com os resultados encontrados pelos ensaios de genotipagem. As variantes BA.2 e BA.2.56 foram detectadas inicialmente nos meses de janeiro e abril, respectivamente, nas amostras do estudo, sendo detectadas um mês antes nas amostras do estudo quando comparadas as sequências depositadas no estado do Rio Grande do Sul no GISAID. Estes pontos levantados podem sugerir que há alguma diferença na circulação viral presente na cidade de Rio Grande quando comparados às demais cidades da região pelas suas características geográficas e epidemiológicas. Técnicas alternativas de vigilância como a genotipagem e o sequenciamento parcial da região RBD garante bons resultados para o monitoramento e triagem de amostras em períodos críticos como a pandemia pela COVID-19, onde não seja possível realizar o sequenciamento completo.